社團法人公費醫師協會，前身係社團法人台灣醫學生聯合會於第27屆時，由時任對內事務副會長(VPI)黃碩焜推動設立之「公費生事務推動小組」，後改制為該會獨立委員會「公費生事務委員會」，並於2017年3月4日召開第一次公費生大會正式選出主席、副主席及幹部團，開始正式運作。公費生事務委員會歷任6屆，由於重點科別公費醫師於2022年起陸續畢業並開始執業，爰經公費生事務委員會第6屆幹部決議，支持先前由陳品銓（同時為醫聯會第35屆醫學教育副會長）個人發起的「台灣偏鄉醫學會申請設立案」，並改為「公費醫師協會申請設立案」，於獲得當屆醫聯會理事會支持下，向內政部遞件申請，並於2023年1月1日召開成立大會正式成立。

本會成立後，逐步接收原公費生事務委員會之各種業務，並對外擴充招募會員，以成為公費醫師與衛福部協商及相互聯繫、完成服務、互助互惠的平台。