本會理事會由理事長1人、副理事長2人、理事6人組成，每六個月至少開會一次，負責本會各種決策，並任命秘書長、副秘書長等協助執行會務。

監事會由監事長1人、監事2人組成，每六個月至少開會一次，負責監察會務。

秘書長承理事會指示，由本會學生會員擔任，指揮秘書處辦理本會庶務，及接辦原屬社團法人台灣醫學生聯合會公費生事務委員會之業務，下設副秘書長及各種秘書管理包含會員聯絡、迎新、常見問題諮詢、粉絲專頁管理等事項，必要時並在秘書處下分組辦事。